Stella Makubuya từng là một nhân viên pháp lý của Bộ Giới tính, Lao động và Phát triển Xã hội ở Ukraina. Sau đó, bà làm Giám đốc, Quản lý và Tư vấn tại Tập đoàn Tư vấn Bắc Âu Uganda.[1][3]

Bà từng là cố vấn cho một số chính phủ, tổ chức phi chính phủ và tổ chức phát triển quốc tế và quốc tế, bao gồm Nnabagereka Development Foundation. Bà cũng từng là Chủ tịch và Phó Chủ tịch trong các hội đồng của (a) Akina Mama wa Afrika (b) Liên đoàn Luật sư Phụ nữ Quốc tế (FIDA) (c) ActionAid Uganda và (d) Sáng kiến Xã hội Mở cho Đông Phi (OSIEA).[1][2][3]